这是两个不同的概念，一般涂膜防水层是指用防水涂料做防水层，卷材防水层是指用防水卷材做防水层。这两个一般不在一起施工的，也有一个建筑用两种防水施工方法，屋面用防水卷材做，卫生间用涂膜材料做。如果想一起做的话可以参考下面小编给大家的建议。一般情况先涂料后卷材。有几种情况：
1、涂膜与卷材叠层施工，涂膜必须在卷材下，注意二种材料的相容性；
2、涂膜与卷材中间有保温层等，理论上无所谓，但还是涂料做在下面更合理；
3、涂膜适合直接涂刷在刚度较好的基层上（如结构混凝土层），卷材由于强度和均匀性比涂料好，更适合做在下面有保温层的细石混凝土面上，抵抗外力破坏的能力也比涂料要强一此。
4、国家规范GB50345《屋面工程技术规范》（2004）中 4.2.7－2条：“卷材与涂料复合使用时，涂膜宜放在下部”；将要出版新的《屋面工程技术规范》中 4.5.4－2 条：“防水涂料宜设置在防水卷材的下面”。